Le MAQ est administré par un conseil d'administration composé de sept administratrices élues par les membres en privilégiant la plus grande représentation des différentes actrices en allaitement possible.
Le conseil d'administration assure la gestion financière et documentaire (archives) du MAQ. Il tient à jour la liste des membres et convoque les assemblées. Il recherche activement des sources de financement.
Pour conserver une cohérence dans ses actions, le conseil d'administration assure des liens étroits avec les autres comités. Dans la mesure du possible, une administratrice est intégrée dans chacun des comités de travail du MAQ . Le conseil d'administration peut aussi créer de nouveaux comités, au besoin, et il s’assure que toutes les membres honorent leurs engagements.
Le conseil d'administration établit des contacts avec les organismes internationaux, canadiens et provinciaux reliés à l’allaitement maternel. En concertation avec les membres des autres comités, il adopte les positions officielles de l’organisme qui sont ensuite ratifiées par les membres.
Le conseil d'administration voit à la représentation du MAQ sur les tables provinciales en allaitement et en périnatalité, par une administratrice ou toute autre membre de son choix.
Le conseil d'administration travaille à faire connaitre des outils et de l’information reliés à la mission du MAQ. Au besoin, il peut émettre des avis.
Le conseil d'administration est soutenu dans ses tâches par une coordonnatrice, à raison de quelques heures par semaine. De plus, la bibliothèque virtuelle est gérée par une bibliothécaire professionnelle.